A faluszéli pocsolyáktól az iszapos, csendesen áramló csatornákig mindenütt előfordul. Bizonyos időszakokban tömegesen észlelhető még az olyan nagy folyóvizeinkben is, mint a Duna és a Tisza (ahonnan aztán olyan nyomtalanul tűnik el, mint amilyen váratlanul megjelent). Homokos vagy iszapos medrű, nyáron erősen felmelegedő vizekben él. Különösen a csatornákat, a holtágakat és a nagyobb folyók lassúbb folyású szakaszait kedveli. Rendkívül kedvező életfeltételeket talált a Kiskörei víztározóban. Régebben nagy tömegben élt a nem megfelelő műszaki állapotban lévő halastavakban, ahonnan napjainkban fokozatosan kiszorul.

Éjjeli ragadozó. Fiatal korában férgeket, rovarlárvákat és rákokat fogyaszt. A kifejlett példány ezek mellett ikrát is fal, de elkapja az ebihalat, a békát és a halivadékot is. Télen nem táplálkozik, iszapos gödrökben vermel.  Étrendjében a legfontosabb árvaszúnyog-lárvák mellett - melyek fogyasztásával más halfajoknak jelentős táplálékkonkurensévé válik - különböző bentosz szervezeteket, állati eredetű hulladékokat érjelentős mennyiségű növényi anyagokat (magvakat, vízinövények különböző részeit) találunk. Általában veszélyes ikra- és ivadékpusztítónak tartják, de ezt konkrét vizsgálati eredmények nem támasztják alá. A törpeharcsa alkalomszerű ivadék- és ikrafogyasztásával kapcsolatos adatok általában a tógazdasági körülményekre vonatkoznak.